據《警政時報》指出，該項計畫工程由群光電能得標承攬，但卻有知情人士指控，實際工程現場的施作人員與作業單位，與對外所呈現的承攬主體未完全一致，質疑群光電能「高比例分包」；還有專家認為，未來若工程款流向、風險承擔與實際施作方出現落差，一旦有品質或安全爭議，履約責任恐遭切割分散，對此，群光電能方面則強調，「未構成全部轉包，依法並不違規」。
除分包爭議外，《警政時報》稱掌握資料，該工程曾出現數量與規格差距明顯的不同版本文件，專家指出，工程文件版本若界線不清，不僅可能影響施工依據，更可能在日後驗收、責任認定甚至金流爭議中，成為關鍵導火線。群光電能則說明，部分文件僅屬於內部工地會議中「工法討論」或評估選項之一，並非最終送審或實際施作內容。
《警政時報》求證群光電能時，該公司主張，部分實際施作單位工程品質不符或未完成，已依契約收回相關項目處理；但施作方則反控，追加工程早已完成，卻未被認列，導致工程款項遲遲無法結算，雙方各執一詞，卻讓國家級科研工程陷入紛爭僵局。
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