《讀賣新聞》報導，東京都東久留米市一處開票所於開票作業中，發現共38張偽造的投票用紙，其中包含10張選舉區票（即區域候選人票）與28張比例代表票（政黨或候選人票），票面上還明確寫有特定政黨名稱。
市選舉管理委員會（市選管）指出，這些偽票與正式選票顏色與大小相近，但紙質與印刷明顯可辨，一看就能識別為偽造。市選管已與東京都選舉管理委員會協調，並將這些票以無效票處理。負責人表示「為防止偽票混入，我們將加強對選務人員的提醒與管理。」
選務疏失方面，東京都大田區一處投票所發生錯誤，選務人員誤將區域選票與比例代表選票搞混，錯誤發給25位選民。類似情況也發生在新潟縣胎內市與愛知縣北名古屋市，可能導致部分選票被列為無效。
投票程序上，日本選民需依序領取2張選票，分別填寫候選人姓名與政黨名稱或候選人姓名，並投入不同票匭。此制度在本次選舉中因操作疏失造成混亂，引發外界關注。
此外，福岡縣古賀市則傳出一起涉嫌違反《公職選舉法》的冒名投票案。1名女子使用母親的通知單到投票所投票，但她本人其實已完成投票。古賀市選舉管理委員會認定疑點重大，已將此案通報警方處理。
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