針對藍營各黨部近期遭檢調搜索一事，邱毅今日在臉書發表個人看法，直指「最近總統賴清德的獨裁行動更加瘋狂，司法檢調人員如狼似虎，而罷團成員有恃無恐，街頭暴行連連。」

邱毅認為國民黨中央一定會被搜索，而且目標直指組發會及主席辦公室，他提出4大理由，包含各地方黨部都已被搜索、各地方黨部的書記長都被抓，甚至被收押，書記長歸中央組發會統籌主管、檢調正在調查原住民的幽靈連署，而原住民連署由黨中央直接指揮，以及檢調是以「組織犯罪」來偵辦。

邱毅並認為約談朱立倫是一定的，但收押應該短期不會，因為朱立倫前面還有一個防火牆，就是組發會主委許宇甄。

此外，國民黨立委傅崐萁近日爆出礦稅爭議，邱毅直言傅篤定是風暴中心，表示「檢調重兵已進入花蓮，偵查礦稅及幸福水泥的案子，目標鎖定傅崐萁夫妻。在檢調的天羅地網下，原先錯估形勢，低估敵情的國民黨，這回真慘了！」