2020年在全球爆發的新冠肺炎（COVID-19，前稱武漢肺炎）奪走無數條人命，而台灣早在2019年12月31日就曾掌握到中國武漢發生至少7例非典型肺炎死亡病例，基於SARS經驗、立刻通報WHO聯繫窗口，要求提供更多相關資訊；曾擔任日本政府顧問的前日本自衛隊統合幕僚長岩崎茂也透露，當時日本政府什麼都不知道，後來多項防疫對策都是從台灣提供的關鍵資訊來做出研判與決策。
批WHO防疫失職 美副部長點名：假裝台灣不存在
美國去年以新冠防疫失職為由，預告退出WHO，如今正式退出，美國衛生部長小羅勃甘迺迪（Robert F. Kennedy Jr.）23日發文批WHO已迷失方向，偏離了創立使命，深陷官僚主義、利益衝突與國際強權政治的泥沼中，在新冠期間，這些失誤更具有致命性。
衛生部副部長歐尼爾（Jim O’Neill）也在X發文表示，「WHO假裝台灣不存在，忽視台灣2019年提出的新冠早期示警，他們無視嚴謹的科學，一味推行封鎖政策（封城）」。
WHO否認忽視台灣 稱美退出理由非事實
對於相關指控，WHO的新冠負責人瑪麗亞范克霍夫（Maria Van Kerkhove）一概否認表示「完全不是事實」，她表示，WHO在2019年12月31日就掌握到武漢的疫情訊號，並稱台灣不是事先警告，而是詢問相關資訊，「我們沒有忽視台灣的意見，也從未忽視科學，WHO也從未建議採取封鎖政策」。
WHO祕書長譚德塞（Tedros Adhanom Ghebreyesus）也說，美國退出的理由並不屬實，並警告退出WHO會讓美國和世界的衛生安全受到威脅，希望美國能重新積極參與WHO工作。
時間回到2020年4月，譚德塞當時就否認忽視台灣提出的武漢肺炎示警，還說台灣的電郵沒有提到人傳人的風險，時任中央疫情指揮中心指揮官陳時中反擊指出，當時的電郵有題到「非典型肺炎特性且病患均隔離治療」，此即強烈暗示人傳人的風險，呼籲WHO坦承處理。
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