更關鍵的是，中央9度示警、國軍到位，鄉公所卻回報「全數撤離」而延誤實際救災，偵訊時林清水緊咬縣長徐榛蔚才是地方救災指揮官，形同把責任推給縣府，不能只究責他一人。檢調已鎖定4大缺失，件件均指向花蓮縣政府監督不實，且未確實督導疏散，究責層級恐持續向上。
回顧馬太鞍溪洪災奪走十九條人命前，內政部已九度對花蓮縣府下達「必須立即疏散」的警訊，九月十五日起，農業部林業保育署也連續數天以公文及電話會議要求縣府緊急造冊、盤點土石流警戒區保全戶，並於九月十九日、二十日、二十二日等時間再度以紅色警戒通知「務必強制撤離」。
消防署同樣在21日清晨、上午、下午連續三度通報縣府，明確指出馬太鞍溪上游堰塞湖水位急升，有立即溢流風險，要求「不得延誤撤離程序」，中央災害應變中心當晚第九度示警，並白紙黑字告知縣府需撤離1,800戶、約8,500人，要求縣府連夜完成勸離，並同步回報實際撤離進度。
這些公文與警訊被花蓮縣府及光復鄉公所「已讀而未落實」，檢調掌握的紀錄顯示，中央要求造冊、演練、統計撤離人數等項目，縣府均未依程序督導光復鄉公所執行，反任由鄉長林清水草率向上回報，且縣府竟未深入查核，多份中央的公文甚至未在縣府內部完成層級流轉，遭以「已知悉」結案，實際執行卻幾乎掛零，更離譜的是，在中央第七與第八次示警期間，花蓮縣府仍以「地方回報撤離中」回覆，使中央誤以為狀況受控，延誤調派更多支援。
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