二審法院在判決理由中指出，針對檢方控訴馬英九等人涉嫌賤賣黨產、造成中投公司損害等罪嫌，經調查後認為，當年的交易環境具備特殊的時空背景。合議庭認定，2005年間《廣電法》規範「黨政軍退出媒體」的期限在即，若國民黨未能在期限內處分中視、中廣股權，將面臨無法換照、導致公司價值歸零的經營危機。
法官認為，三中黨產當時包含行水區土地及行政區建築，涉及不當黨產爭議，導致市場詢問度低、乏人問津。合議庭援引一審證據指出，當時並無明確事證證明有其他更優質的買家存在，且前中投總經理汪海清在錄音中曾直言「其他買主都是弄出來的空氣」，證實當時確實僅有余建新具備承接意願。
針對檢方主張馬英九主導「賤賣」之嫌，高院認為馬英九當時身為黨主席，其指示多屬「抽象式」的經營指導原則，且多次在會議中強調必須「合法執行」。法官強調，商業決策涉及風險評估與談判策略，法院應尊重經營者的裁量權，不宜事後以結果論認定被告具有背信意圖。
合議庭認為，三中股權的交易價格經鑑定後，難以認定有明顯低估的情事。在缺乏具體犯罪事證下，維持一審判決，宣判馬英九等3人無罪，至於一審中唯一被判有罪的前立委蔡正元，被控挪用領航基金會與阿波羅公司款項，涉犯業務侵占、背信等罪。二審合議庭今對此部分做出判決，認定蔡正元確實存在侵占行為，判刑3年6月，沒收2.3億不法所得。
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