陳耀昌在醫界的地位，源自他橫跨臨床、研究與制度建設的多重貢獻。早在1980年代，他就率領台大醫療團隊達成台灣第一例骨髓移植，開啟本土移植時代，也讓日後骨髓庫得以建立。隨後的數十年間，他持續推動造血與幹細胞相關科技的發展。除了在國內耕耘，他亦曾前往越南協助建立骨髓移植中心，成為當地制度起步的重要推手。2000年代初，他接任國家衛生研究院幹細胞中心的首任主管，帶領台灣進入新興醫療研究的早期階段。其後轉向法醫體系改革，擔任台大法醫所創所所長，協助完善法律與專業制度，並見證《法醫師法》正式立法。
在公共政策與社會議題方面，陳耀昌的足跡也十分鮮明。1990年代末至2000年代初，他參與中央層級的諮詢與立法工作，先後成為行政院顧問與國大代表。與政壇的交會也帶來角色的轉折，他在2006年因政治路線分歧離開民進黨，並短暫領導新成立的紅黨。離開政黨競逐後，他重心轉向弱勢族群倡議，長年推動漢生病病患的人權保障。從2008年開始，他擔任衛福部專責小組召集人，任期橫跨十餘年。
除醫學成就外，陳耀昌在文學界亦占有一席之地，是少見兼具科學與歷史書寫的小說家。他以臺灣史為創作主軸，首部作品《福爾摩沙三族記》即入圍文化部2012年台灣文學獎。2016年出版的《傀儡花》更被公視改編成影集《斯卡羅》，引發國內外熱烈討論。之後陸續推出《獅頭花》《苦楝花Bangas》《島之曦》等作品，皆受到文壇肯定。
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