該片實際拍攝天數約35天，很多場景發生在夜市。不過夜市人潮熙來攘往，鄒時擎徵詢本地業界人士的意見，很多人認為在夜市拍片難度很高，因為人太多，如果封街得找很多臨演。不過，鄒時擎當年《外賣》取景的餐廳就照常營業，客人依然上門、員工穿梭其間，仍順利完成，於是她決定用自己的方式和想法在夜市拍片，把它視為挑戰。
鄒時擎在《修行》製片陳保英協助下，組了一個約20人的拍攝團隊。不料開工第一天就受挫，因為大隊人馬都穿黑色T恤、坐在麵攤對面，民眾一看就知道在拍電影，紛紛停留觀看，不但無法拍攝，拍出來的畫面也不能用。隔天鄒時擎改變策略，僅留5、6位工作人員，也不穿黑衣服，還要求收音組躲在陰暗處，現場全程以手機拍攝，此舉果然奏效。
第二天起，夜市的民眾都沒注意到劇組人員，且現代人普遍使用手機拍照的情況成為劇組很好的偽裝。鄒時擎笑說：「後來還有人跟蔡淑臻點麵來吃，大家真的完全習慣我們的存在。」麵攤是租的，鄒時擎看準攤位的營業時間與電影拍攝時程剛好錯開，「於是我糾纏攤位老闆兩個月，對方才答應出租，還包括煮麵的食材和用具。」
鄒時擎透露，西恩貝克2024年5月以《艾諾拉》拿下坎城影展最佳影片金棕櫚獎，之後便投入一連串奧斯卡獎季的宣傳活動，與此同時著手《左撇子女孩》的剪輯工作。鄒時擎回憶：「那段期間，他出席各地的映後座談之後，晚上回到飯店便開始剪輯，所以《左撇子女孩》已經跟著他繞地球一圈，前後耗時約7、8個月。」
2022年，鄒時擎在台拍攝《左撇子女孩》時仍是疫情期間，加上西恩貝克正在籌備《艾諾拉》，因此只有她帶著台灣團隊拍攝。不過她每週都會把拍好的毛片放上雲端，讓西恩貝克隨時可以查看內容。拍攝初期，鄒時擎幾乎每隔兩天就會打給他，針對已拍過的戲交換意見。由於西恩貝克負責剪輯工作，拍關鍵場景的戲之前，她也會問對方，需要多拍什麼樣的鏡頭。
鄒時擎高中時，外公看見她用左手拿菜刀，便喝斥「左手是魔鬼的手，不准用。」這句話幻化成靈感的種子，歷經1/4個世紀的灌溉，終於長成一部作品。回首來時路，鄒時擎坦言，與西恩貝克合作的過程，讓她不斷學習製作電影的技術，這些經驗成為她獨當一面的養份，如今看來意義重大，「如果沒和西恩貝克拍過那些電影，今天也不會有《左撇子女孩》這部片。」
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