至於其他被告部分，三顧公司副董事長陳宗基、三顧公司會計廖玟怡、財務長沈孟範均無保請回，由於其中可能涉及行、收賄，檢調仍持續追查金流中。
監察院今年七月針對此案發布厚達50多頁的調查報告，揭露劉錦勳等調查人員荒唐離譜辦案過程，因此罕見對調查局、台北市調查處等司法機關同時提出糾正。全案起因檢調在2023年6月間偵辦超基因公司被控涉及營業秘密案時，驚爆司法單位多項重大缺失，除了調查局違反人權對楊智惠非法拘提上銬16小時殘暴凌虐，此外，檢調執行拘提時未能全程錄音錄影，就連台北市調查處進行拘提程序與附帶搜索也不合法，更離譜的是，調查局立案調查過程草率，監委痛批台北市調查處藉職權介入民營公司派系紛爭，形同挾公權力濫權偵辦私案。
檢調查出，調查官林廷佑是劉錦勳的徒弟，負責製作鑑識三顧的營業秘密偵查報告，劉錦勳指示林廷佑將鑑識報告交給陳宗基心腹文懿，三顧再憑該資料補充提告超基因，身材高挑的文懿昨穿著開衩短裙進入地檢署，露出長腿好身材的打扮相當吸睛，作證後也被請回，由於三顧在調查局安插內鬼，透過公權力辦私案，設局陷害超基因，顯然是利用司法手段整肅商場對手。
超基因被司法調查的立案過程有鬼，調查局及台北市調處當年已意識到原本要立案的營業秘密法證據不足，一度要求承辦人劉錦勳補正資料，詭異的是，調查局卻未堅持補齊所有資料，最後仍准予立案，三顧公司更轉而要求劉錦勳朝妨害電腦使用犯罪方向調查，劉錦勳竟也配合辦理，顯示在整個案件偵辦過程的立場偏頗，明顯以公害私，嚴重侵害超基因權益。
除了當初立案證據不足，調查局又因報案人三顧要求，且基於另一較為簡單好辦及績效考量的罪名「妨害電腦使用罪」，竟又轉移偵辦重點。誇張的是，劉錦勳立案時，還配合三顧要求發函向義守大學調借楊智惠指導該校學生撰寫的一本博士論文，轉而藉此指控侵害其營業祕密。
由於該論文若屬涉犯營業秘密案件的關鍵證據，應由劉錦勳妥慎保管，如有必要，則應透過第三方公正單位鑑識分析，先行釐清受侵害營業秘密標的、範圍後再行偵辦，但劉錦勳卻將相關資料交由三顧公司人員單方面拍照、攜出運用，後來就函文發還，未影印併卷留存作為附證，刻意隱匿濫權蒐證不當行為嫌，明顯違反調查局辦案規定。
此外，三顧舉辦尾牙，陳宗基都留一桌給調查局中正站，由劉錦勳會一群調查官學弟妹與會，北機站清查劉錦勳相關帳戶，發現自從三顧立案後，他無論赴新加坡全家旅遊或日常生活開銷，都有大筆現金支付，帳戶的錢常常沒動，其中是否有貪汙不法，檢調還在深入調查中。
劉錦勳曾是調查局十大傑出據點，除遭楊智惠指控性騷擾，一名女調查官學妹後來也出面踢爆遭他騷擾的惡行，劉錦勳是否足以一手遮天幹出如此離譜醜聞，調查局內部早已議論紛紛，就連他在局本部的乾爹是誰?昔日哪個長官力挺他的流言四起，幕後到底是誰在罩他，調查局對此強調，嚴予究責，絕不寬貸。
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