由於確診畜牧場採用廚餘飼養方式，各縣市政府紛紛緊急應變，要求全面停止以廚餘作為飼料。中華民國餐盒食品商業同業公會全國聯合會理事長陳明信指出，這波衝擊來得又急又猛，不僅打亂營養午餐的供應鏈，也使廚餘處理面臨巨大壓力。他表示，中秋節過後本就因豬肉供應吃緊，南部許多餐盒業者早已降低豬肉使用比例，如今非洲豬瘟確診更迫使業者立刻啟動應變機制，只能臨時更改菜單，以雞肉、魚肉或豆製品替代豬肉。
然而，真正的難題在學校端浮現。陳明信指出，全國學校營養午餐是廚餘產生的最大來源之一。他憂心地說：「今天下午2點以後，全國學校的營養午餐預計將產生約2,000桶廚餘，每桶重達250公斤。」換算下來，短短一餐時間，學校就得面對高達約50萬公斤的廚餘處理壓力。以往這些廚餘可作為養豬飼料，現在禁令生效後，如何迅速將如此龐大的量送往焚化廠或以其他無害化方式處理，成為地方政府與防疫單位必須立即解決的燃眉之急。
非洲豬瘟消息在中部地區傳出後，緊鄰的彰化縣率先進入全面警戒狀態。彰化是國內重要的養豬重鎮，年產值超過百億元，為守住防線，立即下令所有熟廚餘送往焚化爐，並同步啟動校園午餐應變機制，全力確保約8萬9千名學童的餐食安全與營養均衡。彰化縣教育處表示，各校午餐將全面要求肉品提供「CAS」或產銷履歷證明，並於必要時以雞肉、魚肉、豆製品取代豬肉，同時強化惜食宣導，減少廚餘產生。縣府營養師團隊也全面展開菜單審查，確保菜色兼顧營養與食安。
其他縣市亦緊急跟進。台中、台南、宜蘭下令至11月底前校園午餐禁用溫體豬，一律採用冷凍CAS豬肉或其他蛋白質替代來源。台中市明令禁止師生打包剩食；台南市更要求學校產生的廚餘全部交由環保局或合格廠商回收，不得再流向養豬場；嘉義市府同樣宣布，10月起全面改用合格冷凍豬肉並停止廚餘販售。雙北、桃園及新竹縣等地則指示各校與團膳業者彈性調整菜單，在確保營養的前提下，優先採用具溯源標章的國產肉品，或暫時停用豬肉產品，以雞肉、海鮮與豆製品作替代。
新竹市政府也啟動「校園營養午餐五道防線機制」，以「食安零容忍」為原則，從源頭管理、層層驗證到家長共同參與，確保學童的餐食安全。包括使用具「三章一Q」（有機、產銷履歷、CAS、QR-code）標章的國產食材，每學期抽驗食材並公開檢驗結果，建立最嚴謹的食安防護網。
這場突如其來的非洲豬瘟防疫戰，從養豬場蔓延至校園餐桌，牽動全國供應鏈與防疫體系。從中央到地方、從農業到教育，各單位都在搶時間部署，只為在防堵疫情的同時，守護學童健康與國人飲食安全。
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