今年4月，時任總統府副秘書長的張惇涵在網路節目《齊有此理》中，談及美國「對等關稅」政策及其對台影響，提到陳玉珍與藍委林思銘曾提案刪除經濟部中小及新創企業署「科技應用」與「發展」等項目預算。
陳玉珍隨後反駁，表示相關提案早已撤回且未經表決，張惇涵則反擊，控訴陳避重就輕，試圖用「刪除未遂」掩飾行為，於是陳提起民事訴訟，請求精神慰撫金150萬元，並要求刊登啟事澄清。
台北地院審理後指出，陳玉珍確曾提出刪減中小企業相關預算的提案，雖後續撤回，但張惇涵的言論是基於事實，屬公共事務評論範疇，法院認定，張的發言應受言論自由保障，並未侵害陳的名譽權，因此判決陳敗訴，全案可上訴。
