台中爆發非洲豬瘟疫情後，外界對市府的疫調過程有許多質疑，中央更點出第一頭病發豬隻出現的日期，恐怕並非台中市府說的10/10，問題就出在化製三聯單疑似被人動手腳。台中市副市長鄭照新：「我們確實發現可能疑似有塗改的狀況發生，昨（28日）也送檢調」。
一般來說，化製三聯單是由養豬場飼主填寫並留存丙聯，再由駕駛隨車送另外二張，到化製場甲聯用來核對數量，乙聯再由化製場匯集，送交動保處，但現在甲聯和丙聯的數字卻兜不攏，根據平面媒體報導，台中市10/22公布死豬數量有117頭，後來改為116頭，到了28日又更正為78頭，數字一變再變，農業局聲稱，是因為豬農口述有誤，但中央調出化製三聯單，卻發現複寫的數字竟然不一樣。
農業部長陳駿季：「這些差額數字，是不是由其他的豬場去併化製車，還是有其他的，有沒有可能有其他豬隻是被移出這個縣市」。至於疫調中最初透過電話諮詢建議豬農給藥的藥廠業務、王姓獸醫佐跟著旅遊團出國後，28號晚間總算返台，29號以證人身分到地檢署說明。
台中地檢署襄閱李毓珮：「經證人同意進行手機鑑識採證，訊畢諭知請回」。另外養豬場的紀姓特約獸醫師事後首度在臉書PO文回應，為何豬農第一時間沒找他看診。豬場特約獸醫師紀又銘：「獸醫師如果本身他沒有在看藥的話，他們都不方便叫我們直接去看，除非真的很嚴重，如果說賣藥的人，他可以作建議的話，他只要花藥錢，他就可以得到一樣的醫療資訊」。
紀姓獸醫無奈，更透露因為他在龍井看診，跨區到梧棲當特約獸醫，沒有事先備報，現在遭台中市動保處究責，決定再也不當畜牧場的特約獸醫。
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