《菱傳媒》社長陳申青表示，創刊號「105號系列碼頭案」等獨家報導，來源是黃國昌，黃國昌今天上午在立院接受聯訪，被問到台中105號系列碼頭案是否與《菱傳媒》合作？他表示：「是、沒錯。」稱該案從頭到尾由台灣公益揭弊吹哨者保護協會調查完成，並與《菱傳媒》合作，至於《菱傳媒》找誰寫稿，他沒有多過問，該案後來也成為《菱傳媒》成立第一年的獲獎作品。

對此，《菱傳媒》前總編輯蔡日雲表示，105號碼頭是「公共議題」，當年大家各憑本事去跑，2021年的《菱》有一群無懼黑白兩道壓力的媒體工作者，努力爬梳資訊、無數晚上熬夜看好幾年的立院公報、為確認地點詳細地點走訪奔波、反覆改稿、確認、開會溝通，確保查證過程即使碰到受訪者說謊，在嚴謹流程中也能夠發現並招架。

「至於吹哨者協會的調查團隊查證到何種程度，因為我未曾見過其最終報告，故無法評論。」蔡日雲表示，如果說那張寶和會的心智圖是吹哨者調查團隊的成績，她感到相當傻眼，「就是只給了一堆公司名稱，然後用黃（國昌）慣用的連連看，互相串聯，就說是寶和會組織圖」。她強調採訪團隊從那張錯誤百出的資訊表格中，透過判決書檢索、公司登記仔細查看，再花好幾天重置表格、確認所有關係，才整理出最後讀者看到的黑網圖，「生怕不是我們原創資訊的新聞爆料，有一丁點疏失」。

蔡日雲文末指出，透過不同角度報導105號碼頭議題，督促政府收回成命，發揮第四權的監督功能，並意有所指寫下「早上新聞就立刻發現了謊話連篇的受訪者」、「成功不必在我，就有垃圾人會攬功說都是他的功勞」、「提醒大家不管在有沒有ChatGPT的年代都需要善盡查證職責」，對於黃國昌「整碗捧去」的說法不以為然。