教育部日前同意清華大學、中山大學及中興大學三校學士後醫學系，將原先的公費生名額改為自費一般生，更把招生名額從原先的23名放寬至35名，同時將國防醫學系自醫學生總量管制中忽略不計，造成醫學生總名額從1,300人暴增至1,600人，引發醫界強烈不滿。

為化解紛爭，卓榮泰今（30日）上午親自主持跨部會協商，衛福部與教育部兩部長坐下相談，雙方達成共識，拍板決議醫學系招生總名額將維持現行人數不變。衛福部醫事司長劉越萍指出，1,300人的總量限制包括軍費生、自費一般生，公費生並未算入，換言之，若3校要將招生身分由公費生改為自費生，其名額必須納入管制人數。

劉越萍表示，衛福部的立場從始至終皆與醫師團體一致，認為不該打破既有招生總名額。雙方會議最終達成2項結論，一為醫學系學生招生總名額維持原樣，包含教育部及國防部權責核定名額；二則醫學系招生名額需經醫學教育會以及全國醫學院校院校長會議討論獲致共識。

劉越萍說明，此次爭議肇因於雙方認知有所落差，教育部誤將107年牙醫系擴招計算方式，套用至本次醫學系招生規劃，將西醫、中醫與牙醫混為一談，造成誤會發生。劉越萍指出，西醫、中醫和牙醫三者狀況不一，在總量控管上有明顯差異，在會議中也已釐清。

中華民國醫師公會全聯會等29個團體於昨（29日）發布聯合聲明指出，教育部虛構名額計算邏輯、曲解制度共識，「醫界全面反對醫學生招生黑箱灌水」，醫界也憂心，恐步上韓國醫生罷工等後塵。相關團體原預計今（30日）下午召開記者會表達訴求，但因行政院即時出面協調，相關爭議已有所釐清與回應，記者會取消辦理。

對此，醫師公會全聯會表示，感謝政府重申制度計算邏輯，並尊重醫界與醫學生團體長期以來的建議，更肯定行政院表達未來將於醫學生招生議題上，回歸正當程序辦理、尊重專業。醫師公會全聯會也感謝政府部門願意傾聽他們的聲音，透過理性、和平的溝通討論，共同守護台灣的醫療品質與民眾健康權益。