立法院財政委員4月21日通過《會計法》第99條之1條文修正草案初審，因爆發衝突，經過在場立委表決後，全案保留送交立法院會處理，也必須交由黨團協商。5月30日立法院會審議該修正草案，國民黨立委上午7點半左右進入議場，並占據主席台。

當時民進黨立委洪申翰坐在主席台上，但被國民黨立委拉扯，手指濺血，8點46分左右民進黨團進入議場，民進黨立委莊競程、郭國文、王美惠等人將主席台奪回。立法院副院長蔡其昌約10點進入議場，宣布開會。

民進黨立委蔡易餘在提案說明中表示，國務機要費由來可追溯至民國40、50年代，分為機要費、特別費，60年代則合併為國務機要費，可看出機要費和特別費性質相同，特別費的核支和核銷等程序，已有行政慣例，辦理國務機費等相關業務的人員對處理方式也有一定的信賴。

因此，蔡易餘說，對承辦人員按照行政慣例處理的行為，應該給予信賴、保護，杜絕社會各界爭議，因此提出《會計法》第99條之1條文修正草案，民國95年12年31日以前各機關支用的國務機要計畫費、特別費，其報支、經辦、核銷、支用及其他相關人員的財務責任視為解除，不追究行政及民事責任，如涉刑事責任則不罰。