龔兆平分享，他平日睡前習慣看電視或YouTube短片，某次看到一個模仿好萊塢青春電影校園風雲人物在走廊上以慢動作姿態現身的趣味片段，讓他靈感一來，想到：「如果同一個地方有兩種時間速度，會發生怎麼樣的故事？」原本他覺得可發展成警匪片或神偷片，經慢慢醞釀，意識到「時間差」設定或許更適合描述「愛情關係」。這想法在腦海盤旋許久一直沒寫，直到監製張艾嘉邀他參加「薪火相傳記劃」。
曾與龔兆平多次合作的張艾嘉當時詢問他是否有故事想拍，龔兆平原有其他類型片的構想，但考量到張艾嘉處理愛情故事經驗豐富，於是提出這個「時間差」的愛情故事。他本以為會被否決，沒想到張艾嘉看到第一稿的劇情大綱就決定支持。
《他年她日》劇本初期故事的世界觀較寫實，第一稿中龔兆平甚至設想從香港島望向九龍時，整個九龍會呈現慢動作，男女主角的通訊方式，也設定為手機通訊軟體等現實生活工具。然而張艾嘉認為寫實設定「不好看」，建議大膽朝向動漫感發揮，並以此為基礎發揮。
為建構片中架空的世界，龔兆平投入相當多時間進行資料研究，特別是科學理論方面。他借用「重力時間膨脹理論」（gravitational time dilation）的科學概念，以「重力越大、時間就越慢」的理念來說明片中兩個世界的時間差。故事中男主角「薯仔」所處的「長年區」時間流逝快、重力相對較輕；女主角「安晴」所處的「優日區」剛好相反。
《他年她日》的劇本最初由龔兆平獨自執筆，為避免過度投入產生創作盲點，監製張艾嘉建議他找另一位編劇合作。透過朋友介紹，龔兆平與編劇李栢翹攜手發展劇本第二稿，兩人頻繁交換意見，採一位先寫，另一位繼續修改的方式進行，建立共同檔案，一來一往反覆進行。
後來，張艾嘉也加入編劇。龔兆平坦言，他比較理性、張艾嘉比較感性，這種個性差異在劇本討論中產生有趣的碰撞。每當龔兆平理性評估一個橋段的可行性時，張艾嘉則以更開放的姿態反問：「為什麼不可以？」或「為什麼要用真實世界的想法去看這個世界？」以更具想像力的方式探索故事的可能性。
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