楊瓊瓔今在質詢時提到，行政院5月16日公文要刪全國地方政府的一般性補助款，事前是否有和立法院和地方政府溝通？卓榮泰表示，主計長陳淑姿有和地方主計人員討論，行政院經推估認為這樣的方式是影響比較小的，並表示這樣做的緣由是行政院的預算被立法院大幅刪減，如果源頭沒有了，水如何下去？
楊瓊瓔以台中為例，指出一般性補助款被刪了32億元，包括低收入戶、兒童、身障及中低收的補助、育兒津貼、道路橋梁公園等基礎設施，直喊「這些都是救命錢院長」，質疑這樣砍有道理嗎？卓榮泰則回，如台中市府真的這麼做，這是台中市府的選擇。楊瓊瓔回道，台中市府不會這麼做，並指行政院刪除地方一般性補助款是明顯違法，還拿出總統公告指出，一般性補助款2,501億1,279萬元必須「照列」，而卓揆也強調，行政院編列預算，也請立法院依法審議預算，當立法院在審議預算時違背整個精神跟原則，行政院已經沒有預算對地方政府做任何酌情補助，「這個是情非得已、不得以的解決方式。」
然而楊瓊瓔一再表示應該要「照列」，事前沒有溝通、事後又嗆地方是糟蹋人的政府，稱預算刪減應有嚴格法定程序，怎能想要調就調，還問卓榮泰「你有聽到地方的痛苦嗎？」
卓揆反擊表示，不是行政院想要調就調，而是「行政院的錢被你們刪掉了」，才不得不這麼做。他提到，如果行政院提出追加預算878億元的就是解決方案，其中636億元是對地方的補助，如果恢復了，中央不會苛扣地方。楊瓊瓔不理他繼續說，這次台中32億被刪、影響到65萬人，卓揆也再度反問楊瓊瓔：「行政院的痛苦委員有體會到嗎？你有體會到行政院的痛苦嗎？」並指出國防、外交、教育被立法院刪除多少，「影響中央執政，您在乎一點點嗎？」楊瓊瓔沒有回應，接著改為討論關稅議題。
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