監院調查更發現，承辦該案的調查官劉錦勳「藉職權介入民營公司派系紛爭，辦案偏頗」，他在市調處中正站組長任內，與告訴人三顧公司人員過從甚密，2014年間，經友人介紹認識三顧高層陳宗基，二人互動熱絡並以兄弟相稱。
時任台北市調處處長吳富梅被監委約談時也提到，此案該處以違反《營業祕密法》報調查局立案時，經濟犯罪防制處即有意見，表示應先由檢舉人三顧公司說明指控超基因所涉營業祕密內容究竟為何？即便後來局本部同意立案，仍要求三顧公司盡快補正，該公司卻一直無法提供相關資料。
調查局作為我國重要的執法機關，肩負維護國家安全與偵辦重大犯罪之雙重使命。
詭異的是，三顧後來轉而要求劉錦勳朝妨害電腦使用犯罪方向調查，調查局搜索後扣押相關筆記型電腦等設備，由中正站同仁製作「數位證據檢視報告」的鑑定，劉錦勳竟未經正常程序簽准，私下將該報告提供給三顧，檢舉楊女涉犯妨害電腦使用罪，不但違反保密規定，他還多次率中正站同仁參加三顧公司尾牙，除未依規定簽報長官核准、知會政風單位，顯示劉錦勳在整個案件中立場偏頗，更讓外界對偵查該案能否保持客觀公正產生疑慮。
監察院更直指，本案調查局及承辦人劉錦勳在立案時已意識到原立案的《營業祕密法》案件證據不足問題被要求補正，然而後續並未堅持要求補正完成，竟因報案人要求，並基於另一罪名妨害電腦使用罪較為簡單明確與績效考量，轉移偵辦重點並發動搜索，爆發濫權爭議。
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