嘉義監獄也傳出管理員不當管教事件，有爆料指控管理員拉幫結派，故意惡整看不順眼的受刑人。今年2月某日下午，管理員要求受刑人裝洗碗水，但其中1間舍房的受刑人沒裝，身為「水房公差」的受刑人C先生於是對該舍房的受刑人說：「你們是不要吃晚餐了嗎？不打洗碗水嗎？」說完就走回自己的舍房。
沒多久，沒裝洗碗水的2名受刑人走向C先生，語帶威脅地說：「兄弟！你說話的口氣一定要這麼酸嗎？」C先生的獄友見狀，立刻出面解危，希望對方有話好好說，但對方不聽勸，跟C先生發生拉扯，獄友則出手阻擋，這時，管理員發現有異，前來了解狀況，事後卻把C先生及獄友罵了一頓，甚至還要求2人寫陳述書，另外二人則與管理員有說有笑，完全是差別待遇。
更扯的是，這2個與管理員關係較好的受刑人，事後竟誣陷C先生的獄友動手打人，明明監視器沒拍到任何動手畫面，最後獄友卻被移入「違規舍」14天作為懲處，非常不公平。知情人士表示，嘉義監獄「有關係就沒關係」的惡質文化非常嚴重，呼籲矯正署出手整頓，不要裝作沒看見。
不僅對待受刑人的方式有爭議，監獄對於同仁的管理也遭詬病，本刊接獲台北監獄內部人D先生投訴，指1名戒護科林姓管理員，之前在備勤時間跑到病舍拿漫畫書，結果不慎扭到腳，主管竟然讓他請1年半的公傷假，至今仍維持每天只上半天班。
另1名戒護科曾姓管理員，之前則因長期上班睡覺、縱放受刑人，被記17支申誡，長官卻讓他違法兼職剪輯影片，甚至裝病請假。D先生不滿地說，獄方對於問題同仁選擇縱容，卻不願意讓真正重病、已提出診斷證明的同仁請病假休養，勞逸不均的管理方式，令人心寒！
面對諸多爭議，矯正署回應指出，過去向以各矯正機關依法管教及落實同仁風紀為首務，如生疑義時，秉持勿枉勿縱、不包庇護短態度，指派視察與政風人員即時調查，要求機關迅速議處。
高雄監獄發現職員涉嫌不法後，即調整該員勤務，避免接觸被害者，並依法通報社安網，提供心理輔導及法律協助；另主動函請檢調追究刑事責任，後續也將從嚴議處行政懲處。
台東泰源監獄於今（2025）年曾生收容人自傷事件，同仁立即制止，安排醫護治療傷口並關懷輔導；至有無內情，將持續調查瞭解。另已派人查核嘉義監獄執勤狀況，要求落實管教規範，杜絕不公情形發生。
台北監獄係按職員實際情形及所提證明文件，覈實認定差假，以兼顧人力運作及同仁法定權益。
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