台南高分院指出，王文宗是否涉犯槍砲彈藥刀械管制條例之非法持有槍彈罪嫌而犯罪嫌疑重大，尚有疑義，惟基於偵查不公開不予詳述，撤銷發回原審法院再為調查後，另為適法之處理。

檢警專案小組在追查88槍擊案時，查出王文宗曾兩度前往中國，提供酒店客房窩藏畏罪潛逃的主嫌「紅龜」洪政軍，並資助洪的生活開銷、提供手機及門號作為聯絡之用，認為王文宗罪嫌重大，且有逃亡、滅證、勾串之虞，向法院聲請羈押禁見獲准。

由於王文宗是地方聞人，台南黑、白兩道都熟，涉入槍擊案震撼地方政壇，也爆出他當過謝龍介競選台南市長的後援會長，國民黨因此被批涉入黑金、作賊喊抓賊；謝龍介則發聲明澄清，王文宗並未擔任競總職務，只是路過參香拜票，國民黨也澄清，王文宗沒當過朱立倫或馬英九競選總統時的地方後援會長，迅速撇清關係。