徐巧芯12日透過臉書發文，指出「唐鳳的資通院被爆料至今未收到薪資」，稱收到民眾陳情，「原本的資安院強迫同仁1月16日報到，1月18才能知道薪資，甚至至今都沒有領到薪水，甚至抱怨目前已經成為『外包部』，同仁沒有榮譽感」，徐巧芯表示本案將會向台北市勞動局檢舉，請市府調查以釐清真相。

徐巧芯也指控「唐鳳不務正業」，原因是唐鳳多次被發現幫私人企業背書或宣傳，「上一次黃揚明發現他幫一個投資公司拍廣告，這次又跑去幫課程網站拍片，增加對方的會員。身為部長級的政務官，不應該用政府的公信力隨意替私人公司背書，否則以後若該公司出現問題，請問唐鳳要一起負責嗎？」徐巧芯稱「就是因為如此不務正業，每天在數位發展部以及資安議題上才會顯得如此吃力及貧乏」。

對於徐巧芯的指控，10日才揭牌的資通安全研究院12日晚間發聲澄清，表示資安院現職人員分別在今年1月16日與1月31日到職，並依據董事會通過的薪資規劃，由資安院長核敘薪資，1月19日已正式核發敘薪單。目前相關薪資經費已經進行行政程序，會儘速依規定撥給人員。目前已完成今年業務計畫及預算規劃，預計下週陳報數位部核定後，就可進行後續申請經費核發行政作業，院長何全德也已於2月1日以電子郵件向請全體同仁詳細說明薪資撥發作業進程，對於同仁薪資撥發及相關權益至為重視。

數位發展部則表示，唐鳳從過去擔任政委到目前擔任部長，採訪紀錄都以CC授權（創意共享）公開釋出，地方民代所質疑的影片，是2020年唐鳳擔任政委時製作，2020年已公開在行政院公共數位創新空間（PDIS）的YouTube頻道，當時就是以CC授權公開釋出，任何影音平台都可使用，沒有幫特定私人通路背書的問題。數位部指出，唐鳳擔任政委時，主責社會創新與開放政府業務，製作受訪的影音屬於本職業務，沒有所謂不務正業的問題。