清大校方表示，清華海峽研究院為部分校友所成立的「服務校友推廣教育及創業機構」，並澄清該機構不屬於清大，校方並不清楚也未曾參與其中運作。清大下午再度更新資訊，指出教育部已發文要求清華海峽研究院立刻停止使用，並即刻撤離。

清大稱，清華海峽研究院是向財團法人自強工業科學基金會轉租校內空間作為辦公室使用，而自強基金會董事長盧崑瑞指出，由於新冠肺炎影響，清華海峽研究院已經有一陣子沒有運作，不過因有法律上的疑慮，基金會即日起將與該單位中止租約。

國安單位掌握到在未經官方許可之下，具中共官方背景的「清華海峽研究院」，為鎖定台灣高等教育的科學研究成果，於台灣的清華大學成立「新竹辦公室」，有官員透露此舉已違反《臺灣地區與大陸地區人民關係條例》，陸委會也將協助教育部釐清相關問題。