台灣申請加入CPTPP，農業首當其衝，因為我國農產品平均關稅15.6％，CPTPP平均有96.2％農產品關稅為零。農委會為此提出因應方案，預計參考日本、加拿大的案例，包括調降零關稅時程從6年到21年不等，或是在不同的季節採取不同的關稅。
陳吉仲舉例：「日本他們是用汽車減少到美國的零關稅，來保護他們的稻米。我們也一定會朝這個方式，來讓該有的、敏感性的一個農產品，受到這樣的一個保護。」
陳吉仲表示，除了參考其他國家的模式，協商敏感農產品排除降稅、爭取較長調適期，也會積極推動外銷，穩定農產品的價格與品質，並推動標章制度來做市場區隔，再擴大農業保險的運用來因應。評估加入5年後，農產品外銷金額增加500億元，以去年我國農產品外銷1,374億元，可望增加2千億元。
農委會承諾以最大力量保護農民、減少損害，但受創產業還有汽車和相關產業。經濟部長王美花表示：「象徵而且也實質代表台灣願意去走這樣的一個自由開放、符合高標準的動作。那對外的溝通，其實跟各國持續的這樣的諮商，一直在作業。」
王美花坦言，將持續對外溝通協商，短期會有衝擊，但不加入影響更大。台灣前進CPTPP，勢在必行。
