馬偕醫院近期除了天價購買土地爭議外，一年多前，馬偕擲3億多元進行福音樓後棟4到7樓病房整修工程，有吹哨者向本刊爆料，該工程從投標、得標到後續施工都充滿諸多不合理的疑點，包括14次公告後只有一家廠商投標、該廠商得標後突臨時更換共同投標的裝修業者，而馬偕竟也接受，另外，工程開始前，馬偕罕見破例的預付3成、也就是1億多元工程款，而原本預計在今年11月完成的工程，至今竟只完成了25%。
吹哨者表示，馬偕因整修福音樓後棟4層樓的病房、護理站及醫師辦公室、值日室等工程公告投標，公告14次後只有一家廠商投標，前年7月，投標廠商與裝修業者至董事會議價，同意降價400萬元後，順利取得該標案，不料，事後得標廠商無預警更換裝修業者，此舉引來原業者不滿，發文向馬偕抗議，痛批馬偕不顧誠信正義與工程倫理，更直指新的接手業者曾嚴重延誤工期、與協力廠商有過糾紛的黑歷史，但最終馬偕董事會仍同意更動。
除此之外，一般工程及馬偕過往的工程，都是依進度支付工程款，但這次董事會卻破例預付給廠商三成工程款，共約1億多元，很不合常理；吹哨者說，6樓病房延遲多月至今未開工，院方曾依合約要求廠商盡快進場施作，但廠商竟提出要求更改工程標單工法、延長工期等等，種種拖延損失院方權益，驗收時間延宕也不符合約規定，「進度嚴重落後，醫院本來可以解約，但因為已付了大錢，現在騎虎難下。」
吹哨者說，後來7樓工程在階段性驗收時，也被發現品質不佳，最後竟選擇減價驗收，不符比例原則，他質疑該廠商在投標前後都獲得馬偕「特別禮遇」，政策與條件都依該廠商要求即時轉彎，後續施作品質也無視合約規定及招標規定，由於該標案在前任董事長蕭聰穎任內決議，蕭及董事會高層是否圖利特定廠商，院內已有人蒐集相關證據向檢調舉發，釐清雙方金流是否有對價關係。
今年3月卸任馬偕董事長的蕭聰穎爭議不斷，本刊之前曾報導馬偕的質子治療機採購案，他曾力挺代理中國產品的業者，也曾因安排媳婦進馬偕護專教書，被質疑後辭去護專董事職務，卸任前，他被指控運作自己屬意的接班人，後因本刊報導而破局。
針對購地及圖利廠商爭議，本刊求證蕭聰穎，他回應指出，相關指控皆子虛烏有，所有決策都是董事會討論後一起決議的，都有相關會議記錄，非他一人可以左右，否認主導。
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