監察院在彈劾案文中詳列各官員失職之處，直指當時身為指揮官的前農業局長張敬昌，在官方記者會發布的疫調資訊反覆不一、錯誤百出，甚至遭到第一線獸醫師公開抨擊；此外，張敬昌未能落實中央防疫指令，導致下屬在案場應靜置乾燥期間誤入消毒，嚴重干擾病毒清零判斷。
在環保行政方面，前環保局長陳宏益被指控稽查數據不實。陳宏益雖對外聲稱案場「3年稽查24次均合格」，但調查發現，在疫情爆發前的1年半內，針對廚餘的實際稽查僅有2次，與對外宣稱的頻率落差巨大。更嚴重的是，陳宏益當時指示以「挖坑露天堆肥」方式處理大量廚餘，隨即遭環境部糾正不符規範，增加疫情擴散風險，引發民怨。
針對疫情初期反應遲鈍問題，前動保處長林儒良與組長周百俊被監察院認定「因循敷衍」。調查指出，周百俊早於10月中旬就接獲豬隻異常死亡報告，數量已達警示標準，卻毫無警覺，任由案場飼主拒絕獸醫訪視；林儒良知情後也未採取強制採檢措施，延誤了整整6天才確診，錯失防疫先機。隨後的疫調報告更是漏洞百出，林、周兩人甚至在傳達指令時出現重大疏失，誤發消毒訊息導致「烏龍消毒」事件發生，重創政府公信力。
監察院表示，這4名官員的行為已嚴重違反公務員服務法，其處置失當不僅造成鉅額經濟損失，更讓政府的防疫形象毀於一旦，必須依法接受懲戒法院的後續審理與裁處。
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