1991年9月21日上午，嘉義市一間托兒所正準備讓小朋友吃點心，老師卻發現3歲的鄭姓男童沒有回教室，詢問其他幼童之後，得知男童是被一名男子帶走，於是立刻聯絡男童父母，二人隨後趕到托兒所了解狀況，並確認孩子並未被親友接走，最後決定向警方報案。
為了尋找失蹤的男童，警方擴大訪查，包括托兒所老師、幼童及附近廟宇的3名長輩都指認，帶走男童的是37歲的嘉義纖維公司董事長王邦鏞，而男童的父母都在這間公司任職。男童父母得知後，立即趕往公司與王對質，但王否認帶走男童，卻無法清楚交代案發當時的行蹤。警方介入後，將王列為關係人，進行詢問與查訪，並勘查王駕駛的車輛，只在後車廂發現一個花格子的空皮箱。
案發後18天、同年10月9日上午，國道一號新營工務段的割草工人，在北上車道的外側草叢，發現一個花格子大皮箱，裡面傳出屍臭味，警方到場勘驗，發現箱內是一具幼童的遺體，全身焦黑、沾滿泥土，頭部有多處外力傷痕。
法醫進一步相驗後，判定幼童是遭勒斃，由於遺體外觀已嚴重毀損，無法用肉眼辨識，在當年DNA鑑識尚未普及的年代，警方只能以年齡、體型等間接證據交叉比對，並請男童父母指認遺體上的衣物，最後確認遺體就是鄭姓男童。
檢警認定，王邦鏞同年9月21日將男童從托兒所帶走藏匿，之後因警方介入調查，讓王感到壓力，所以假冒綁匪打電話給男童父母、播放求救錄音，為了避免事跡敗露，9月25日凌晨，王先用鈍器重擊男童頭部，再將他勒斃，之後焚屍、裹上泥巴、裝進皮箱，最後丟棄在高速公路旁的草叢。
至於王邦鏞為什麼犯下令人髮指的男童命案？疑似跟他的戀童癖有關。檢警調查發現，鄭姓夫妻為了就近照顧，經常把年幼的兒子帶到工廠上班，某次公司旅遊到小琉球，夫妻倆也帶著兒子參加，身為董事長的王很喜歡男童，二人互動十分頻繁，旅遊結束後，王對男童更加關注，不僅經常主動接近、買玩具給他，還常帶男童外出、遊玩，並要求男童稱呼他「爸爸」，甚至偶爾帶男童回家過夜。
雖然如此，但王邦鏞畢竟是公司的董事長，鄭姓夫妻不敢得罪他，又怕兒子會出狀況，最後決定把兒子送到嘉義縣民雄鄉，讓外公照顧，試圖拉開距離。沒想到王得知後，曾前往男童的外公家找人，讓夫妻倆非常困擾，後來他們將孩子改送往托兒所，不久便發生男童失蹤事件。
針對男童失蹤死亡案，檢方依殺人等罪起訴王邦鏞，嘉義地方法院審理後，認定證據鏈完整，判王無期徒刑，不過，案件進入二審之後，卻出現重大轉折，原本對王不利的證人，特別是公司員工，突然陸續翻供，否認曾目睹王對男童有不當行為，王還補充案發當天的行程、交代細節，並請證人作證，強調自己有不在場證明，二審法院因此改判王無罪，當庭釋放。
對於這樣的結果，檢方無法接受，上訴三審，最高法院認為二審對證據的取捨有疑義，發回高分院重審，案件此後歷經更一審至更七審，高分院多次判處王邦鏞無期徒刑，最高法院又以通聯與勒贖電話錄音秒數不符等理由發回重審，導致案件纏訟超過20年仍無法定讞。期間王未再被收押，在外自由生活，鄭姓夫妻長期承受司法煎熬，最後決定接受王的和解條件。
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