2021年6月8日深夜，靠近台北車站的好心肝診所傳出有人群聚等著打疫苗。由於當時正值疫情嚴峻期間，中央疫情指揮中心規劃讓一到三類的醫療防疫人員優先施打。然而好心肝診所卻沒有依照此一規定安排，私自先幫與診所有關的知名人士施打，挨轟「特權疫苗」。
時任台北市副市長黃珊珊表示，確實有一大部分人員不符規範，依法對好心肝診所罰鍰200萬元，並取消預約合作診所資格；當時的台北市長柯文哲也說，內部管控有疏漏，該調查就調查。
好心肝診所不服處分，先前提出訴願被駁回，後提行政訴訟，請求撤銷裁罰，但2023年7月台北高等行政法院認為，診所確實違反相關政策，也有違規的間接故意，北市府的處份沒有裁量瑕疵，也沒違反比例原則，因此判決好心肝敗訴，駁回請求，仍需罰200萬元。
好心肝診所上訴二審，最高行政法院19日判決大翻轉，改判好心肝勝訴，最高行指出，由於中央流行疫情指揮中心依法律授權發布的預防接種政策，或相關必要應變措施，若屬法規命令「應刊登於政府公報或新聞紙」，才生規範效力。
當時指揮中心以《傳染病防治法》為依據，對外發布的預防接種應變措施，但此法的主管機關為衛福部，應以衛福部發布者為限，指揮中心以其名義發布的措施，就算醫療機構沒配合，仍不得以違規為由來開罰，因此認定北市府開罰有誤，撤銷原處分，確定200萬免罰了。
《中央社》報導，台北市政府衛生局表示，等收到判決書後會再據以依法研議辦理；衛福部長邱泰源也回應，未來中央流行疫情指揮中心成立期間發布防疫措施的行政程序，會再與法制相關部門商討，盼能更完備規範效力並兼顧防疫需求。
衛福部疾管署副署長羅一鈞則說，該行政訴訟兩造為台北市政府和好心肝診所，疾管署非訴訟當事人、不就個別案件內容評論。但他也提到，疾管署跟疫苗接種醫療院所之間是透過「合約」處理，不會用法規命令去訂定應接種對象，否有強打疫苗的疑慮；違規接種的情況僅屬於「違約」，疾管署不會裁處。
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