面對反方有疑慮的核廢料處置議題，黃國昌表示，傳統處理高放射性廢棄物「深層地質處置」（DGD，Deep Geological Disposal）需在地下500公尺建造大型坑道，施工困難且成本高，而「深孔地質處置」（DBD，Deep Borehole Disposal）透過鑽井技術將高階核廢料注入地表下3至5公里深結晶岩層，利用天然地質屏障達成長期隔離，相當於超過一座玉山高度。

對於黃國昌所提技術，部分網友質疑，台灣是造山運動新興地層，挖個數百公尺可能遇到溫泉或地熱水，工程難度可能比雪隧難度更高。有人表示，在美國那種古老地殼可能做得到，但在台灣途中要經過地熱，鄰近斷層隨便一個規模5的地震錯動，整條運輸管線不知道會垮成怎樣。

全國廢核行動平台則指出，雖然DBD技術鑽井規模小、對岩體擾動較少，被部分人士視為技術突破，但黃國昌描述技術「已成熟並成為主流」並不符合國際現實，這項技術早在1957年提出，至今仍未成熟，對於如何確保數百年至數千年時間尺度內保持安全隔離，缺乏實證基礎。

全國廢核行動平台強調，無論是DBD或DGD，都必須依賴極為穩定地質條件，需避免地震、火山、地下水滲流等威脅，還需要長期監測與多世代管理，這不僅是工程難題，更涉及社會、政治、財務與治理挑戰。