新政府人事陸續展開布局，有關國家安全體系的安排，總統當選人賴清德與總統蔡英文有高度的共識，以穩定、傳承為優先考量，因此敲定現任外交部長吳釗燮，回任國安會秘書長；國安局長蔡明彥則將留任。至於現任國安會秘書長顧立雄將出任國防部長，成為史上第7位「文人部長」。