對此，賑災基金會與衛福部出面澄清。基金會強調，善款絕非直接交給地方政府「任意運用」，而是依據「事實與需求」由基金會統籌規劃與執行。依規定，善款適用於災民救助、緊急醫療與重建復原，並且依法公開徵信，所有支出明細都將上網公開，接受社會檢視。
賑災基金會進一步說明，依「重大天然災害災民賑助核給要點」，善款用途包括死亡、失蹤、重傷賑助，以及安遷、租屋、住戶淹水（含土石流）補助。地方政府的角色僅是協助統計受災人數與調查災情，再由基金會依據清冊撥款。即使善款由地方政府發放，基金會仍會要求提出受領清冊與簽收單據，經核銷後才算完成，避免資金流向不明。
基金會也表示，若募款成果允許，後續將再與中央及地方合作，規劃「專案賑助」，例如房屋修繕、生活支持等，確保善款專款專用。基金會承諾「用處依原則，去處可查核」，並提醒民眾若有疑慮，可致電查詢每一筆款項去向，捐款人與受款人資訊均依《公益勸募條例》辦理。
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