黃國昌今在臉書發文，表示中山科學研究院不僅執行國防部各軍種的委託研究，更負責產製、維修國軍各項武器系統，每年自國防部取得預算高達近千億台幣，可謂在我國國防自主上扮演關鍵角色。
不過，黃國昌指出，中科院以「財團法人」的型態組織，各項高額經費的採購，卻經常不受政府採購法等相關規範管制，自成體系地辦理相關招標採購，內部控管卻一蹋糊塗，不僅滋生貪腐弊案的溫床，更可能因此洩露重要國防機密。
黃國昌接著爆料，過去幾個月，竟有內部人員拿著中科院鵬園院區智慧監控指管系統的標案機密文件，大剌剌地四處向廠商兜售要錢，行徑之乖張，令人不敢置信。更離譜的是，這還不是單一個案，背後還涉及一整串軍事採購弊案。
最後，黃國昌質疑，「請問國防部部長兼中科院董事長顧立雄：這些為謀私利罔顧國安之貪腐劣行，國防部都不知道嗎？還是睜一隻眼、閉一隻眼，有錢大家撈？」
對此，中科院今回應，院內安全系統日前發現資料複印異常，經初步調查，於8月14日移送憲指部，報請檢察官主動偵辦。
中科院說明，相關外流資訊，屬中科院招標文件營業祕密；公開招標期間，得由具投標意願廠商申請閱覽，疑遭內部員工，提供特定對象謀利，中科院將依法嚴辦。
中科院強調，全案係內部安全機制主動發掘，刻已進入司法偵辦，所謂「國防部不知道，睜一隻眼、閉一隻眼」等內容並非事實。中科院將全力捍衛權益，力求予涉案者最嚴厲刑懲，以儆效尤。
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