2004年韓日首腦會談時，南韓前總統盧武鉉曾要求當時的日本首相小泉純一郎查明事故真相並挖掘遺骸，但日方以「淹沒位置與深度不明確」為由，拒絕展開調查。去年9月起，韓日民間團體透過眾籌籌集資金，在海邊進行地面作業，於地下4米處發現長2.2米、寬1.6米的海底隧道入口，潛水員進入坑道展開調查，正式開始遺骸發掘。
過去83年間，長生煤礦中被強制動員的朝鮮工人遺骸始終深埋海底。今年8月初又在海上進入煤礦的過程中確認了可接近事故現場的出入口，位置與當時記錄相符，距離遇難者的作業區並不遠。隨後展開的調查陸續傳出成果。
《KBS》昨天報導，日本民間團體「長生煤礦水淹事故記載團體」下午在事故現場發現3件疑似人體骨骼，包括一根大腿骨，長度分別為42公分、29公分與23公分。韓國潛水員在水中調查時，還同時找到了長靴等犧牲者遺物，推測至少4名遇難者遺骸可能散落於現場，並已將發現通報警方，計畫進行DNA檢測。
韓國民間團體「長生煤礦罹難者歸來推進會」今（26日）再度發表聲明，表示下午於水下調查中又發現一具頭骨，初步判斷無須鑑定即可確認為人類遺骸。潛水員指出，由於坑道內水質混濁，實際遺骸數量恐怕遠超目前發現的部分。現場調查人員也透露，頭骨一半埋於泥土中，旁邊甚至還有疑似穿著衣物平躺的物體。相關遺骸將移交警方進行鑑定。
自去年展開水下調查以來進展有限，但在連續兩日發現遺骸後，民間團體認為已進入新階段。「推進會」代表崔奉泰強調，經日韓民間團體努力，等待海底83年的遺骨終於重見天日；然而，接下來涉及136名朝鮮人與47名日本人的DNA檢驗、尋找遺屬與遺骸歸還等工作，已非民間團體能負擔，呼籲韓日政府應立即出面成立「韓日遺骨協議體」，共同負責後續處理，為歷史傷痕找到出路。
《韓聯社》報導，日本政府態度仍舊消極。包括「長生煤礦水淹事故記載團體」在內的民間團體多次向政府請求支援，但日方始終以遺骸埋藏位置不明、現場安全性不足為由拒絕介入。厚生勞動大臣福岡資麿今也在記者會上表示，尚未獲得新意見，因此日本政府不會推進相關財政支援。
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