「戲劇就是要引起人們共鳴」，影集《零日攻擊》製作人兼編劇統籌鄭心媚表示：「台海戰爭的威脅，應是台灣人最有共鳴的題材，但一直沒人處理。」2022年初烏俄戰爭爆發，台海衝突也成為國際關注焦點，鄭心媚覺得是透過戲劇探討此議題的時候，開始著手規劃《零日攻擊》。
儘管當時鄭心媚只有影集粗略的方向與大綱、沒有資金，卻在兩個星期內找到羅景壬、洪伯豪、林志儒等8位導演願意加入。由於紅色滲透題材敏感，她希望政界人士幫忙，經朋友介紹與政界出身、剛離開文化總會的林錦昌洽談，雙方決定合作。
「企劃案很大膽，因為涉及兩岸、甚至戰爭的題材爭議性高，不容易處理，但值得去做。」林錦昌指出，全劇角色多半是來自不同社會階層、職業的小人物，並以人的故事展現衝突，更能獲得理解、共感。
林錦昌以他於陳水扁總統任內在國安會工作的經驗，提出建議。「當時國安會每年結合行政團隊舉辦『玉山兵推』，不僅軍事，還有基礎設施損害、製造假消息、通訊中斷、金融混亂等防範因應。我跟心媚討論，這些狀況也許可以融入劇情。」
為讓內容更真實深入，林錦昌也邀蘇紫雲、曹興誠、沈伯洋等學者專家替導演、編劇們上課，說明現代戰爭從實體到網路的各種樣態、可能發生戰爭的徵兆與後果。之後大家交換意見，列出影集可以觀照的題目，譬如：第五縱隊滲透宮廟、媒體訊息戰、半導體產業或軍中間諜潛伏等，找出故事切入點。
設定全劇10集的主題後，導演們相互討論，挑選擅長或感興趣的題目。身兼編劇統籌的製作人鄭心媚指出：「有些劇本導演自己寫，有些是我幫忙找編劇或由我寫，等於是龐大複雜的10組編劇室，各自進行10個故事。我會參與每組、每場編劇會議，把10個故事串起來，協調大家的想法。」
編劇過程中，顧問群隨時提供諮詢，並在劇本完成後確認是否有謬誤，拍攝期間也協助把關，譬如某些場所的陳設、總統隨扈人數、在群眾中的隊形等細節。
全劇10集使用相同的世界觀，有些角色與情節在不同集數中互有關聯。鄭心媚表示：「劇本在團體協作、互相激盪的情形下產生，原先想談的內容很廣，後來決定聚焦在角色的掙扎及情感的抉擇。發展人物與劇情的同時，也一邊思考適合的演出人選。重要演員像杜汶澤、高橋一生、水川麻美與謝怡芬等，都由我決定，但也會和大家共同討論。」
台海戰爭牽涉地緣政治，為展現影集的國際規格，鄭心媚開出夢幻名單，透過日本選角指導幫忙，如願請到日本明星高橋一生、水川麻美。不過第一集〈戰爭或和平〉裡甫當選總統的角色，則是快開拍前才決定由謝怡芬擔任。鄭心媚解釋，劇本設定是女總統，但因演員要能撐起總統的架勢，所以卡關很久。演出前，謝怡芬除與幾位女性政治人物聊天，也跟著對方行程觀察她們的言行與生活。
配合影集戰雲密布的背景，劇中戰機、戰車、軍艦輪番出現。鄭心媚指出：「劇組透過正常管道與程序，向國防部支援影視製作的單位申請協助，因近年中共擾台次數頻繁，國軍演訓頻率增高，影集也利用軍方出勤演訓時，拍攝捕捉需要的情境與鏡頭。」
軍事動員場面之外，還有不少大規模場景，像是凱道上的群眾抗議、總統車隊、投票所爆炸等。為了拍投票所的重頭戲，劇組特別包下一所小學改裝，光是戲中的採訪媒體、總統隨行人員、投票民眾，就請到300多位臨演。
另外，第6集〈金紙〉裡壯觀的燒王船祭典，則是真實現場。拍攝前，團隊特別到宮廟擲筊獲王爺許可，讓演員置身祭典情境下發揮，並訪問信眾。鄭心媚說明：「原想做一艘王船燒掉，後來估算一艘造價1,000、2,000萬元，加上船邊堆滿金紙與遶境轎子、群眾等，難度太高，於是改用『偽紀錄片』形式，也切合劇中真假顛倒的主題。」
全劇製作費2.3億元，除文化部「黑潮計畫」補助7,131萬元與國發基金投資4,170萬元，還有中華電信、高雄人與曹興誠等共同投資。不過鄭心媚笑稱，最初詢問幾家投資影視作品的公司，都認為題材很好、會引起國際注意、應該拍，但都說「不要找我投資」。
監製林錦昌參與後，就原設定的總製作費1億元，先找天使投資基金3,000萬元，並獲企業界友人支持，曹興誠得知影集方向更主動投資2,000萬元。順利募到3,000萬元後，因文化部推出「黑潮計畫」，鼓勵台劇走向國際，製作單位也大膽提高規格與預算。
《零日攻擊》17分鐘前導片的導演羅景壬，去年底執導第8集〈反分裂家庭〉。該集描述戰火將至之際，戴立忍與潘慧如飾演的台商夫妻去留兩難，同時觸及「販賣器官」「停止校園民防課程」等日前熱議的話題。但羅景壬強調，他並非跟著新聞走，因為影片去年底就已拍攝完成。
「我們先思考與推演戰爭前可能的狀態與應有的警覺，再透過戲劇分享這些訊息。」羅景壬不諱言：「如果自己的想像竟成為台灣切身的難題，會讓人恐懼再往下推，戲裡的事會一一發生，更害怕這齣戲從寓言故事變成真實的『歷史劇』。」
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