2023年初全球爆發禽流感，美國、日本等國家皆出現雞蛋產量不足、價格上漲的狀況，我國也出現雞蛋短缺，為滿足國人需求，農業部啟動專案進口雞蛋，委託包含超思在內9家進口商進口；雞蛋價格與供應平穩後，卻爆發超思進口巴西蛋爭議，陳吉仲為此請辭獲准；北檢今偵結認定陳吉仲等5人未涉有瀆職、圖利等犯行。

陳吉仲在臉書發文感謝司法還他清白，強調執行專案進口雞蛋政策是為了照顧農民、確保消費者的權益，超思案簽結結果，不僅讓他證明清白，更是給認真盡責的同仁們和協助專案進口的夥伴們一個公道；他表示當時雞蛋產量不足，導致蛋價上漲、黑市價格猖狂，專案進口雞蛋讓黑市價格消弭，整體政策效益遠高於成本。

陳吉仲感嘆農業部長期受到許多假消息的攻擊，尤其在專案進口雞蛋期間，還出現對岸的認知作戰，但同仁們還是堅守崗位，努力達到政策目標，在位期間完成三保一金，口蹄疫、傳統豬瘟、非洲豬瘟非疫區，解除遠洋漁業黃牌，營養午餐使用國產在地食材等，「我從不後悔走這趟路，即使再發生一次，我們還是會堅持捍衛農民和消費者的政策」。