廟方今日在臉書透露丹娜絲颱風所帶來的災情，指出南鯤鯓代天府矗立40餘年、採用千年檜木建造的「五門式大牌樓」在強風中倒塌，原木構件亦有不同程度損傷。

廟方表示，此牌樓自1982年由匠師王錦木監造，選用珍貴台灣紅檜，依古法「六柱五間、二通三瓜」工藝搭建，為台灣罕見的巨型木構建築，長年以來為進香信眾重要地標，如今毀損，實為莫大損失，目前已緊急封鎖災損區域，啟動清淤與修復工程，並號召工作人員、志工、進香團協力協助現場整理與修復，廟方感謝每一位不畏風雨到場幫忙的朋友。

由於南鯤鯓代天府今日停電，因此仍需一段時間恢復正常運行，主殿和安全區域則維持開放，廟方呼籲信眾務必衡量天氣和自身狀況再行前來，並注意行走安全；另外，廟宇周圍主要幹道紅綠燈和電力皆尚未恢復，經過民眾也應注意行車安全。