大巨蛋開箱之後，各種問題也陸續浮現。台北市議員爆料大巨蛋鬧「鼠患」，地下室的轉播區有電線被咬壞。另外也有民眾反映，整個大巨蛋只有一間哺乳室根本不夠，而且裡頭還有濃濃菸味。