台灣代表團出發征戰東奧時，因為選手搭乘經濟艙，行政人員搭乘商務艙一事引發爭議，教育部長潘文忠和時任體育署長張少熙鞠躬道歉，張少熙隨後請辭，職務由教育部次長林騰蛟暫代

，行政院指示返國後檢討。

林騰蛟21日到立法院教育及文化委員會針對「東京奧運會組團參賽情形及未來策進」進行專題報告，內容指有關飛機座位安排，因應COVID-19疫情考量，經中華奧會組團專案小組會議決議，去程採包機方式，安排選手搭乘空間較大、適合防疫的經濟艙。

體育署在7月12日於國訓中心召開行前說明會，不過時間緊迫，雖已召開教練會議向教練清楚說明，並請教練協助向選手轉達，不過後續沒有再確認該資訊是否有確實傳達給選手，也沒能掌握選手個別需求，即時給予協助。

針對行政人員搭乘商務艙問題，報告稱，體育署人員在7月中旬，因為忙於東奧出發前的各項事務工作安排與準備，對於中華奧會所做的座位安排，未能及時注意事時調整，搭機時也未及時反應修正，確有疏失。

檢討改進部分，體育署表示未來參加奧運等重要國際賽事，應安排選手及教練搭乘商務艙，若有防疫等特殊原因，應於事前會議更審慎規畫討論，並確認教練與選手對於決議清楚知悉；另涉及行政人員參與活動之各項規畫安排，類似機位安排等，應更加審慎注意符合相關規範。