人事任用的其中一例就是林佳龍上任後，先使田中光續任政次，今年初田中光外派荷蘭，遺缺由國防院前執行長陳明祺接任，主掌北美事務，外界將陳明祺這位林佳龍的「哈佛校友」歸為龍人馬，認為龍當初是有意先用傳統外交官出身的田來卡住次長職位，以留組建自己團隊。
此後，國安團隊互動開始有些怪象，例如國安會有些會議甚至會「把林佳龍擋在門外」，不知會部長室而直接通知外交部內的單位來開會，而外交部的反擊，則具體展現在送去給國安會的外交電報上，因國安會與外交部業務高度相關，許多外館傳回來的電報本也都會交國安會了解，但隨著兩單位首長嫌隙漸深，外交部開始刻意篩選給國安會的電報，「從原本厚厚一疊，變少少幾張」，知情人士形容。
此外，龍燮也在對美關係的角力也不只一樁。除特殊管道對話安排不順、徐斯儉駐美風波外，10月初日經亞洲報導，國安會副秘趙怡翔訪問華府，探詢賴今年出訪中南美、過境美國的可能。趙怡翔是吳釗燮一力提拔的子弟兵，隨後就有「涉外人士」痛批趙怡翔繞過代表處、衝擊台美互信等新聞，儼然龍燮雙方公然在媒體上較勁。
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